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Succinct Data Structure

Berwin / 1922人阅读

摘要:提供的概念是因为算子运行过程中,大多数情况都是以为单位访问和操作数据,比如聚合,排序等。这种执行方式的特点是每次函数调用返回一批数据,数据量由一个叫的变量来控制,默认是行。查询的执行过程更加缓存友好。

什么是 Chunk

TiDB 2.0 中,我们引入了一个叫 Chunk 的数据结构用来在内存中存储内部数据,用于减小内存分配开销、降低内存占用以及实现内存使用量统计/控制,其特点如下:

只读

不支持随机写

只支持追加写

列存,同一列的数据连续的在内存中存放

Chunk 本质上是 Column 的集合,它负责连续的在内存中存储同一列的数据,接下来我们看看 Column 的实现。

1. Column

Column 的实现参考了 Apache Arrow,Column 的代码在 这里。根据所存储的数据类型,我们有两种 Column:

定长 Column:存储定长类型的数据,比如 DoubleBigintDecimal

变长 Column:存储变长类型的数据,比如 CharVarchar

哪些数据类型用定长 Column,哪些数据类型用变长 Column 可以看函数 addColumnByFieldType 。

Column 里面的字段非常多,这里先简单介绍一下:

length

用来表示这个 Column 有多少行数据。

nullCount

用来表示这个 Column 中有多少 NULL 数据。

nullBitmap

用来存储这个 Column 中每个元素是否是 NULL,需要特殊注意的是我们使用 0 表示 NULL,1 表示非 NULL,和 Apache Arrow 一样。

data

存储具体的数据,不管定长还是变长的 Column,所有的数据都存储在这个 byte slice 中。

offsets

给变长的 Column 使用,存储每个数据在 data 这个 slice 中的偏移量。

elemBuf

给定长的 Column 使用,当需要读或者写一个数据的时候,使用它来辅助 encode 和 decode。

1.1  追加一个定长的非 NULL 值

追加一个元素需要根据具体的数据类型调用具体的 append 方法,比如: appendInt64、appendString 等。

一个定长类型的 Column 可以用如下图表示:

我们以 appendInt64 为例来看看如何追加一个定长类型的数据:

使用 unsafe.Pointer 把要 append 的数据先复制到 elemBuf 中;

将 elemBuf 中的数据 append 到 data 中;

往 nullBitmap 中 append 一个 1。

上面第 1 步在 appendInt64 这个函数中完成,第 2、3 步在 finishAppendFixed 这个函数中完成。其他定长类型元素的追加操作非常相似,感兴趣的同学可以接着看看 appendFloat32、appendTime 等函数。

1.2  追加一个变长的非 NULL 值

而一个变长的 Column 可以用下图表示:

我们以 appendString 为例来看看如何追加一个变长类型的数据:

把数据先 append 到 data 中;

往 nullBitmap 中 append 一个 1;

往 offsets 中 append 当前 data 的 size 作为下一个元素在 data 中的起始点。

上面第 1 步在 appendString 这个函数中完成,第 2、3 步在 finishAppendVar 这个函数中完成。其他边长类型元素的追加操作也是非常相似,感兴趣的同学可以接着看看 appendBytes、appendJSON 等函数。

1.3  追加一个 NULL 值

我们使用 appendNull 函数来向一个 Column 中追加一个 NULL 值:

往 nullBitmap 中 append 一个 0;

如果是定长 Column,需要往 data 中 append 一个 elemBuf 长度的数据,用来占位;

如果是变长 Column,不用往 data中 append 数据,而是往 offsets 中 append 当前 data 的 size 作为下一个元素在 data 中的起始点。

2. Row

如上图所示:Chunk 中的 Row 是一个逻辑上的概念:Row 中的数据存储在 Chunk 的各个 Column 中,同一个 Row 中的数据在内存中没有连续存储在一起,我们在获取一个 Row 对象的时候也不需要进行数据拷贝。提供 Row 的概念是因为算子运行过程中,大多数情况都是以 Row 为单位访问和操作数据,比如聚合,排序等。 

Row 提供了获取 Chunk 中数据的方法,比如 GetInt64、GetString、GetMyDecimal 等,前面介绍了往 Column 中 append 数据的方法,获取数据的方法可以由 append 数据的方法反推,代码也比较简单,这里就不再详细介绍了。

3. 使用

目前 Chunk 这个包只对外暴露了 Chunk, Row 等接口,而没有暴露 Column,所以,写数据调用的是在 Chunk 上实现的对 Column 具体函数的 warpper,比如 AppendInt64;读数据调用的是在 Row 上实现的 Getxxx 函数,比如 GetInt64。

执行框架简介 1. 老执行框架简介

在重构前,TiDB 1.0 中使用的执行框架会不断调用 Child 的 Next 函数获取一个由 Datum 组成的 Row(和刚才介绍的 Chunk Row 是两个数据结构),这种执行方式的特点是:每次函数调用只返回一行数据,且不管是什么类型的数据都用 Datum 这个结构体来封装。

这种方法的优点是:简单、易用。缺点是:

如果处理的数据量多,那么框架上的函数调用开销将会非常大;

Datum 占用的无效内存太大,内存浪费比较多(存一个 8 字节的整数需要 56 字节);

Datum 没有重用,golang 的 gc 压力大;

每个 Operator 一次只输出一行数据,要进行更加缓存友好的计算、更充分的利用 CPU 的 pipeline 非常困难;

Datum 中的 interface 类型的数据,统计它的内存使用量比较困难。

2. 新执行框架简介

在重构后,TiDB 2.0 中使用的执行框架会不断调用 Child 的 NextChunk 函数,获取一个 Chunk 的数据。

这种执行方式的特点是:

每次函数调用返回一批数据,数据量由一个叫 tidb_max_chunk_size 的 session 变量来控制,默认是 1024 行。因为 TiDB 是一个混合 TP 和 AP 的数据库,对于 AP 类型的查询来说,因为计算的数据量大,1024 没啥问题,但是对于 TP 请求来说,计算的数据量可能比较少,直接在一开始就分配 1024 行的内存并不是最佳的实践( 这里 有个 github issue 讨论这个问题,欢迎感兴趣的同学来讨论和解决)。

Child 把它产出的数据写入到 Parent 传下来的 Chunk 中。

这种执行方式的好处是:

减少了框架上的函数调用开销。比如同样输出 1024 行结果,现在的函数调用次数将会是以前的 1/1024。

内存使用更加高效。Chunk 中的数据组织非常紧凑,存一个 8 字节的整数几乎就只需要 8 字节,没有其他额外的内存开销了。

减轻了 golang 的 gc 压力。Chunk 占用的内存可以不断地重复利用,不用频繁的申请新内存,从而减轻了 golang 的 gc 压力。

查询的执行过程更加缓存友好。如我们之前所说,Chunk 按列来组织数据,在计算的过程中我们也尽量按列来计算,这样既能让一列的数据尽量长时间的待在 Cache 中,减轻 Cache Miss 率,也能充分利用起 CPU 的 pipeline。这一块在后续的源码分析文章中会有详细介绍,这里就不再展开了。

内存监控和控制更加方便。Chunk 中没有使用任何 interface,我们能很方便的直接获取一个 Chunk 当前所占用的内存的大小,具体可以看这个函数:MemoryUsage。关于 TiDB 内存控制,我们也会在后续文章中详细介绍,这里也不再展开了。

3.  新旧执行框架性能对比

采用了新的执行框架后,OLAP 类型语句的执行速度、内存使用效率都有极大提升,从 TPC-H 对比结果 看,性能有数量级的提升。

作者:张建

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