云极高性能计算VASP EPC

ernest.wang 发布于2022-07-12 17:39 / 2646人阅读

摘要：本篇目录安装步骤安装步骤软件官网安装步骤安装步骤安装步骤安装依赖包下载并安装下载并安装安装编译安装注册并下载编译以版本举例将本文档最下方的内容在此目录下保存到此目录下，保存文件名为运行此处须将改为您的真实核数附录

VASP

本篇目录

软件官网：[www.vasp.at]

安装步骤

安装依赖包

yum -y install cmake pkgconfig
yum groupinstall "Development Tools"
yum install numactl-libs  numactl-devel  pandoc

下载Intel oneAPI base toolkit并安装(Intel oneAPI)

wget https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/17226/l_BaseKit_b_2021.1.10.2261.sh
chmod +x l_BaseKit_b_2021.1.10.2261.sh
./l_BaseKit_b_2021.1.10.2261.sh

下载Intel HpcKit并安装

wget https://registrationcenter-download.intel.com/akdlm/irc_nas/17229/l_HPCKit_b_2021.1.10.2477_offline.sh 
chmod +x l_HPCKit_b_2021.1.10.2477_offline.sh 
./l_HPCKit_b_2021.1.10.2477_offline.sh

安装ucx

    git clone https://github.com/openucx/ucx.git ucx
    cd ucx
    ./autogen.sh
    mkdir build
    cd build
    ../configure --prefix=/opt/ucx
    make && make install

OpenMPI and OpenSHMEM 编译安装

    git clone https://github.com/open-mpi/ompi.git
    cd ompi
    ./autogen.pl
    mkdir build
    cd build
    ../configure --prefix=/opt/ompi --with-ucx=/opt/ucx
    make && make install

注册并下载vasp

编译vasp（以6.1.0版本举例）

source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
cd vasp.6.1.0
将本文档最下方的 makefile.include内容在此目录下保存到此目录下，保存文件名为：makefile.include
make all

运行vasp：

/opt/ompi/bin/mpirun -np 32 --oversubscribe --mca pml ucx --mca btl ^uct -x UCX_NET_DEVICES=mlx5_0:1 --allow-run-as-root  /{your_vasp_path}/vasp.6.1.0/bin/vasp_std
#此处须将32改为您的真实核数

附录（makefile.include）

# Precompiler options
CPP_OPTIONS= -DHOST="LinuxIFC"
          -DMPI -DMPI_BLOCK=8000 -Duse_collective 
          -DscaLAPACK 
          -DCACHE_SIZE=4000 
          -Davoidalloc 
          -Dvasp6 
          -Duse_bse_te 
          -Dtbdyn 
          -Dfock_dblbuf
CPP        = fpp -f_com=no -free -w0  $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)
FC         = mpiifort
FCL        = mpiifort -mkl=sequential
FREE       = -free -names lowercase
#FFLAGS     = -assume byterecl -w -xHOST
FFLAGS     = -assume byterecl -w -march=core-avx2
OFLAG      = -O2
OFLAG_IN   = $(OFLAG)
DEBUG      = -O0
MKLROOT    = /opt/intel/oneapi/mkl/latest
MKL_PATH   = $(MKLROOT)/lib/intel64
BLAS       =
LAPACK     =
BLACS      = -lmkl_blacs_intelmpi_lp64
SCALAPACK  = $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(BLACS)
OBJECTS    = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o
INCS       =-I$(MKLROOT)/include/fftw
LLIBS      = $(SCALAPACK) $(LAPACK) $(BLAS)
OBJECTS_O1 += fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o
OBJECTS_O2 += fft3dlib.o
# For what used to be vasp.5.lib
CPP_LIB    = $(CPP)
FC_LIB     = $(FC)
CC_LIB     = icc
CFLAGS_LIB = -O
FFLAGS_LIB = -O1
FREE_LIB   = $(FREE)
OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o
# For the parser library
CXX_PARS   = icpc
LLIBS      += -lstdc++
# Normally no need to change this
SRCDIR     = ../../src
BINDIR     = ../../bin
#================================================
# GPU Stuff
CPP_GPU    = -DCUDA_GPU -DRPROMU_CPROJ_OVERLAP -DUSE_PINNED_MEMORY -DCUFFT_MIN=28 -UscaLAPACK -Ufock_dblbuf
OBJECTS_GPU= fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d_gpu.o fftmpiw_gpu.o
CC         = icc
CXX        = icpc
CFLAGS     = -fPIC -DADD_ -Wall -qopenmp -DMAGMA_WITH_MKL -DMAGMA_SETAFFINITY -DGPUSHMEM=300 -DHAVE_CUBLAS
CUDA_ROOT  ?= /usr/local/cuda/
NVCC       := $(CUDA_ROOT)/bin/nvcc -ccbin=icc
CUDA_LIB   := -L$(CUDA_ROOT)/lib64 -lnvToolsExt -lcudart -lcuda -lcufft -lcublas
GENCODE_ARCH    := -gencode=arch=compute_30,code="sm_30,compute_30" 
                -gencode=arch=compute_35,code="sm_35,compute_35" 
                -gencode=arch=compute_60,code="sm_60,compute_60" 
                -gencode=arch=compute_70,code="sm_70,compute_70" 
                -gencode=arch=compute_72,code="sm_72,compute_72"
MPI_INC    = $(I_MPI_ROOT)/include64/

GPU服务器私有云 UCloud云极高性能计算 epc服务器 vasp ssh vasp安装包

文章版权归作者所有，未经允许请勿转载,若此文章存在违规行为，您可以联系管理员删除。

转载请注明本文地址：https://www.ucloud.cn/yun/127143.html

【云极高性能计算 EPC】操作指南：安装步骤及大文件下载指南

摘要：主机内置免费的网盘加速功能，百度网盘超级会员。百度网盘对非超级会员限制下载速度操作指南，登录主机。，选择需要下载的大文件资源，下载速度可达。下载速度文件大小小时小时下载成本下载文件，若使用主机的带宽，单次下载所需的流量费用为元。VASP软件官网：[www.vasp.at]安装步骤安装依赖包yum -y install cmake pkgconfig yum groupinstall Deve...

Tecode 2022-06-28 19:00 评论0 收藏0
云极高性能计算 EPC

摘要：云极是提供的高性能计算产品，其底层为屡受好评的快杰云主机，旨在为用户提供基于公有云技术的超高性能算力，以及涵盖数据传输数据计算数据可视化处理等一站式的使用体验。云极（EPC）是UCloud提供的高性能计算产品，其底层为屡受好评的UCloud快杰云主机，旨在为用户提供基于公有云技术的超高性能算力，以及涵盖数据传输、数据计算、数据可视化处理等一站式的使用体验。EPC支持以下功能：秒级创建计算节点...

ernest.wang 2022-07-12 16:23 评论0 收藏1873
加入产品交流群>>获取最新动态云极高性能计算 EPC

摘要：使用手册购买云主机共享存储登录云主机安装桌面的上传下载关闭增强的安全配置镜像的使用安装大文件下载常用软件常见问题加入产品交流群>>获取最新动态概览本篇目录加入产品交流群>>获取最新动态1.产品概念2.厂商对比3.操作指南云极（EPC）是UCloud提供的高性能计算产品，其底层为屡受好评的UCloud快杰云主机，旨在为用户提供基于公有云技术的超高性能算力，以及涵盖数据传输、数据计算、数据可视...

ernest.wang 2022-07-12 16:28 评论0 收藏1470
加入产品交流群>>获取最新动态云极高性能计算 EPC

摘要：使用手册购买云主机共享存储登录云主机安装桌面的上传下载关闭增强的安全配置镜像的使用安装大文件下载常用软件常见问题加入产品交流群>>获取最新动态概览本篇目录加入产品交流群>>获取最新动态1.产品概念2.厂商对比3.操作指南云极（EPC）是UCloud提供的高性能计算产品，其底层为屡受好评的UCloud快杰云主机，旨在为用户提供基于公有云技术的超高性能算力，以及涵盖数据传输、数据计算、数据可视...

ernest.wang 2022-07-12 16:23 评论0 收藏1873
【云极高性能计算 EPC】产品简介：EPC计算节点、网络文件存储

摘要：云极是提供的高性能计算产品，其底层为屡受好评的快杰云主机，旨在为用户提供基于公有云技术的超高性能算力，以及涵盖数据传输数据计算数据可视化处理等一站式的使用体验。其基于年推出的系列，具有极高性价比。云极（EPC）是UCloud提供的高性能计算产品，其底层为屡受好评的UCloud快杰云主机，旨在为用户提供基于公有云技术的超高性能算力，以及涵盖数据传输、数据计算、数据可视化处理等一站式的使用体验。...

Tecode 2022-06-28 19:00 评论0 收藏0
为科研量身定制，UCloud推出“云极”高性能计算EPC

摘要：为了满足在更多复杂场景科研攻坚时，对于超高性能算力高速网络传输海量数据存储的更高需求，再次发力，于近日推出了为科研量身定制的新一代超算产品，并将正式更名为云极高性能计算以下简称。科研是科技创新的基础，而高性能计算则是科研的基石。随着数字化走向纵深，科研教育进入信息化时代。在科研项目的推进过程中，往往会面对复杂的数据密集型计算任务，例如仿真、数据建模、渲染等大量运算场景。此时如果使用单一的通用...

Tecode 2022-06-28 18:59 评论0 收藏0

发表评论

登陆后可评论

0条评论

ernest.wang

男|高级讲师

我要关注我要私信

TA的文章

幻兽帕鲁常见问题汇总

阅读 128856·2024-02-01 10:43
在Linux和Windows上部署帕鲁的区别？

阅读 386·2024-01-31 14:58
怎么重启幻兽帕鲁云服务器？

阅读 444·2024-01-31 14:54
幻兽帕鲁自建服务器存档备份及回档 - windows篇

阅读 81964·2024-01-29 17:11
小白必读教程，幻兽帕鲁服务器手动部署教程 - Windows篇

阅读 2235·2024-01-25 14:55
A800GPU租用-A800显卡

阅读 1517·2023-06-02 13:36
5G短信和普通短信的区别

阅读 2145·2023-05-23 10:26
5G短信平台：为您的信息传达增添魅力

阅读 508·2023-05-23 10:25

资讯专栏INFORMATION COLUMN

上云采购季！| 爆款云服务器低至4.6元/月，首单享0.9折

云极高性能计算VASP EPC

VASP

本篇目录

安装步骤

相关文章

**【云极高性能计算 EPC】操作指南：安装步骤及大文件下载指南**

云极高性能计算 EPC

加入产品交流群>>获取最新动态云极高性能计算 EPC

加入产品交流群>>获取最新动态云极高性能计算 EPC

**【云极高性能计算 EPC】产品简介：EPC计算节点、网络文件存储**

为科研量身定制，UCloud推出“云极”高性能计算EPC

发表评论

0条评论

ernest.wang

男|高级讲师

TA的文章

幻兽帕鲁常见问题汇总

在Linux和Windows上部署帕鲁的区别？

怎么重启幻兽帕鲁云服务器？

幻兽帕鲁自建服务器存档备份及回档 - windows篇

小白必读教程，幻兽帕鲁服务器手动部署教程 - Windows篇

A800GPU租用-A800显卡

5G短信和普通短信的区别

5G短信平台：为您的信息传达增添魅力

最新活动