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使用UCloud HPC算力,部署流体力学软件OpenFOAM

sherry.jiang / 92人阅读

云极(EPC)是UCloud提供的高性能计算产品,为用户提供基于公有云技术的超高性能算力以及涵盖数据传输、数据计算、数据可视化等一站式的使用体验。


EPC支持以下功能:

 -秒级创建计算节点,按需计费,关机不收费

-支持开箱即用的应用镜像

-赠送1000GB共享存储,支持FTP文件上传和下载功能,带宽最高可达100Mb

-可挂载虚拟的Nvidia Tesla T4 GPU, 为图形处理功能加速

-支持8- 240核多种规格计算节点

 

 本文将演示基于CentOS-7.6 x86_64位系统部署OpenFOAM


 一、开通UCloud云服务

 流程:注册-登录-实名。UCloud注册链接:https://passport.ucloud.cn/#login

 

二、创建算力资源

 1、 登录并前往控制台页面,选择【云极高性能计算EPC】

 1、

 

2、 点击【创建计算节点】,进入主机配置信息页面

2、

3、 选择镜像、CPU及内存

 -镜像:支持标准镜像,自定义镜像以及部分高性能应用镜像

-配置:点击卡片即可

-网络增强:Nvidia Tesla T4, 显存4GB,如需云上处理,可开启,目前仅支持Windows系统(增值服务)

-存储:默认1000GB

-网络:外网带宽默认5Mb(免费)

 3

3


三、远程登录节点

 可使用PuTTY登录(注意,该模式登录后是命令行界面),输入云主机的公网IP即可SSH登录;CentOS系统账号是root,密码是在购买云主机时设置的密码;

 4、

 

四、部署OpenFOAM

 1、安装OpenFOAM依赖

# yum install -y autoconf automake gcc glibc gcc-c++ gcc-gfortran git libgcc libstdc++ cmake bison flex patch
# yum install -y boost-devel gmp-devel gstreamer-plugins-base-devel libXi-devel libXinerama-devel libXrandr-devel libXrender-devel \
libXt-devel mpfr-devel ncurses-devel python-devel qt-devel readline-devel zlib-devel


 2、下载OpenFOAM并解压

# mkdir -p /data/OpenFOAM
# cd /data/OpenFOAM
# wget -c https://sourceforge.net/projects/openfoam/files/v2006/OpenFOAM-v2006.tgz?use_mirror=nchc -O OpenFOAM-v2006.tgz# wget -c https://sourceforge.net/projects/openfoam/files/v2006/ThirdParty-v2006.tgz?use_mirror=nchc -O ThirdParty-v2006.tgz# tar zxvf OpenFOAM-v2006.tgz
# tar zxvf ThirdParty-v2006.tgz


3、修改安装路径和其他编译环境

# sed -i 's/$HOME/\/data/g' OpenFOAM-v2006/etc/bashrc

修改其他细节

# sed -i 's#\(default_gcc_version=\)gcc-4.8.5#\1gcc-7.2.0#' OpenFOAM-v2006/etc/config.sh/compiler
# sed -i 's#gmp-system#gmp-6.1.2#' OpenFOAM-v2006/etc/config.sh/compiler
# sed -i 's#mpfr-system#mpfr-4.0.1#' OpenFOAM-v2006/etc/config.sh/compiler
# sed -i 's#mpc-system#mpc-1.1.0#' OpenFOAM-v2006/etc/config.sh/compiler
# sed -i 's#\(cmake_version=\)cmake-system#\1cmake-3.12.4#' OpenFOAM-v2006/etc/config.sh/cmake
# sed -i 's=\(^unset WM_ARCH_OPTION\)=#\1=' OpenFOAM-v2006/etc/config.sh/settings

加载OpenFOAM环境变量

# source /data/OpenFOAM/OpenFOAM-v2006/etc/bashrc WM_COMPILER_TYPE=ThirdParty WM_COMPILER=Gcc72 WM_MPLIB=OPENMPI WM_ARCH_OPTION=64# echo "alias of2006='source /data/OpenFOAM/OpenFOAM-v2006/etc/bashrc $FOAM_SETTINGS'" >> $HOME/.bashrc

使用别名来管理多OpenFOAM版本

# of2006

加载环境变量时,可能会看到如下消息,需求编译Gcc版本

Warning in /data/OpenFOAM/OpenFOAM-v2006/etc/config.sh/settings:
Cannot find 'Gcc72' compiler installation
/data/OpenFOAM/ThirdParty-v2006/platforms/linux64/gcc-7.2.0Either install this compiler version, or use the system compiler by setting
WM_COMPILER_TYPE to 'system' in $WM_PROJECT_DIR/etc/bashrc.


4、获取编译GCC和binutils的脚本

# cd $WM_THIRD_PARTY_DIR
# wget https://raw.githubusercontent.com/wyldckat/scripts4OpenFOAM3rdParty/master/getGcc# wget https://raw.github.com/wyldckat/ThirdParty-2.0.x/binutils/getBinutils# wget https://raw.github.com/wyldckat/ThirdParty-2.0.x/binutils/makeBinutils# chmod +x get* make*

编译Gcc 7.2.0

# sed -i 's#gccPACKAGE.tar.bz2#gccPACKAGE.tar.gz#' getGcc
# ./getGcc gcc-7.2.0 gmp-6.1.2 mpfr-4.0.1 mpc-1.1.0# ./makeGcc
# wmRefresh

编译GNU Binutils

# sed -i 's/binutils-2.23/binutils-2.31.1/g' getBinutils
# sed -i 's/binutils-2.23/binutils-2.31.1/g' makeBinutils
# ./getBinutils
# ./makeBinutils gcc-7.2.0


5、编译Cmake

ParaView 5.6.0需要较新的CMake3.0以上版本,而CGAL也需要CMake;

# cd $WM_THIRD_PARTY_DIR
# wget https://raw.github.com/wyldckat/scripts4OpenFOAM3rdParty/master/getCmake# chmod +x getCmake
# sed -i -e 's#2.8#3.12#' -e 's#version}.3#version}.4#' getCmake
# ./getCmake
# ./makeCmake cmake-3.12.4 > log.makeCM 2>&1# wmRefresh


6、编译THIRD_PARTY

# cd $WM_THIRD_PARTY_DIR
# ./Allwmake -j 
# wmRefresh


7、编译OpenFOAM

# foamSystemCheck
# cd $WM_PROJECT_DIR
# ./Allwmake -j


8、编译QT

# cd $WM_THIRD_PARTY_DIR
# wget https://github.com/wyldckat/scripts4OpenFOAM3rdParty/raw/master/getQt# sed -i -e 's=4.6=5.9=' -e 's=5.9.4=5.9.6=' -e 's=tar -xzf=tar -Jxvf=' getQt
# sed -i -e 's=tar.gz=tar.xz=' -e 's=$major/$tarFile=$major/$version/single/$tarFile=' getQt
# chmod +x getQt
# ./getQt
# ./makeQt qt-5.9.6 > log.mkqt


9、编译ParaView 5.6.0

# cd $WM_THIRD_PARTY_DIR
# ./makeParaView -qt-5.9 -mpi -python -python-lib /path/lib64/libpython2.7.so -python-include /path/include/python2.7


10、测试motor流场算例

# wget http://hpc.cn-sh2.ufileos.com/hpc_case/motorBike_v2006.tar.gz# tar zxvf motorBike_v2006.tar.gz
# cd motorBike_v2006
# surfaceFeatureExtract
# blockMesh
# decomposePar -copyZero
# mpirun -np 32 snappyHexMesh -parallel -overwrite
# mpirun -np 32 patchSummary -parallel
# mpirun -np 32 potentialFoam -parallel
# mpirun -np 32 simpleFoam -parallel

备注:

如果需要修改计算的CPU数量,修改算例中decomposeParDict文件的numberOfSubdomains参数,这个等于CPU核数;

12


五、限时领取免费算力

 1、UCloud 云极高性能计算EPC限时特惠,新客注册赠送1000核时免费集群算力

             https://www.ucloud.cn/site/active/epc.html

 2、更有EPC校园大使活动,成功邀请高校用户或科研机构使用我们的产品即可获得现金奖励,期待你来!

 3、如有任何问题,可在此留言或加入UCloud-HPC高校科研交流群沟通 ⬇

5、


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