python从gbff文件上直接获取cds编码序列

89542767 发布于2022-12-21 21:39 / 244人阅读

　　本文主要是给大家介绍了python从gbff文件上直接获取cds编码序列实例详细说明，感兴趣的小伙伴可以参考借鉴一下，希望可以有一定的帮助，祝愿大家多多的发展，尽早涨薪。

　　什么叫GBFF文档

　　GenBank纯文本文件类型(GenBankflatfile，通称GBFF)

　　GBFF是GenBank数据库系统的相关信息企业

　　GBFF编码序列文档由多带带的编码序列具体内容构成。

　　编码序列具体内容由字段名构成，每一个字段由关键字逐渐，后边为字段名的实际表明。

　　字段名分多个曾孙字段名，依次关键字或特点表说明符逐渐。

　　每一个编码序列具体内容以双斜杠“//*作完毕标识

　　每一个编码序列具体内容所代表的意义

　　1、LOCUS（编码）编码序列的功效、编码序列长短、种类、职业由来、上传时间

　　2、DEFINITION（表明）含有的生理意义的总结叙述

　　3、ACCESSION（序号）具备统一性和永久

　　4、VERSION（版本信息）文章编号、版本信息

　　5、KEYWORDS（关键字）叙述编码序列“.”表明没有叙述具体内容

　　6、SOURCE（信息来源）编码序列由来微生物的英文缩写，或分子结构种类

　　7、REFERENCE（参考文献）与本数据有关的参考文献，按发表时间排名

　　8、FEATURES（特点表）叙述遗传基因和遗传基因的产物，以及与序列相关的生物学特性，其中包括

　　a.特点关键字(Featurekey)简要说明功能组的关键词

　　b.特点位置(Location)指明在特点表中的什么地方找到相关特点

　　c.限定词(Qualifiers)相关特性的辅助信息

　　9、ORIGIN（碱基排列顺序）类似于FASTA格式给出了所记录的编码序列

　　最后直接上代????，更改输入和输出文件即可使用

　　import re
　　FILE_PATH='./input.gb'
　　OUT_FILE_PATH='./output.fasta'
　　d={}
　　g={}
　　tem=[]
　　def con_spl(list_,n=2):
　　return[list_[i:i+n]for i in range(0,len(list_),n)]
　　with open(FILE_PATH,'r')as f:
　　while True:
　　text_line=f.readline().strip('t').split()
　　if text_line:
　　if text_line[0]=='DEFINITION':
　　c=''.join(i for i in text_line[2:])
　　d[c]=[]
　　g[c]=[]
　　print(text_line)
　　elif text_line[0]=='CDS':
　　cds=re.findall(r"d+d*?",text_line[1])
　　if len(cds)==2:
　　d[c].append(cds)
　　else:
　　for i in con_spl(cds):
　　d[c].append(i)
　　elif text_line[0]=='ORIGIN':
　　while text_line[0]!='//':
　　for i in text_line[1:]:
　　tem.append(i)
　　text_line=f.readline().strip('t').split()
　　e=''.join(i for i in tem)
　　g[c].append(e)
　　else:
　　pass
　　elif f.readline().strip('t').split():
　　continue
　　else:
　　break
　　with open(OUT_FILE_PATH,'w')as f:
　　for i,o in d.items():
　　G=''.join(g&lt;I&gt;)
　　p=''
　　for u in o:
　　u1=int(u[0])
　　u2=int(u[1])+1
　　p+=G[u1:u2]
　　print('&gt;',i,sep='',file=f)
　　print(p,file=f)

　　综上所述，这篇文章就为大家介绍到这里了，希望可以给大家带来帮助。

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