通过自学python求已经知道DNA模版的相辅相成DNA序列

89542767 发布于2022-12-22 14:31 / 174人阅读

　　本文关键给大家介绍了通过自学python求已经知道DNA模版的相辅相成DNA序列的实例详细说明，感兴趣的小伙伴可以参考借鉴一下，希望可以有一定的帮助，祝愿大家多多的发展，尽早涨薪。

　　DNA序列

　　ACTGATCGATTACGTATAGTATTTGCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT

　　求其相辅相成DNA序列。

　　在微生物上DNA相辅相成编码序列概述表述能够表述为：A与T，C与G相辅相成，可以看作将以上编码序列中已有的A用T取代，C用G取代，T用A取代，G用C取代，则其相辅相成编码序列为：

　　TGACTAGCTAATGCATATCATAAACGATAGTATGTATATATAGCTACGCAAGTA

　　根据上述表述，我可以利用replace（）函数进行替换，将A用T替换，T用A替换，C用G替换，G用C替换，

　　简述其代码

　　my_dna="ACTGATCGATTACGTATAGTATTTGCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
　　#replace A with T
　　sequence1=my_dna.replace('A','T')
　　#replace T with A
　　sequence2=sequence1.replace('T','A')
　　#replace C with G
　　sequence3=sequence2.replace('C','G')
　　#replace G with C
　　sequence4=sequence3.replace('G','C')
　　#print the result of the final replacement
　　print(sequence1)
　　print(sequence2)
　　print(sequence3)
　　print(sequence4)

　　其输出结果如下：

　　TCTGTTCGTTTTCGTTTTGTTTTTGCTTTCTTTCTTTTTTTTCGTTGCGTTCTT

　　ACAGAACGAAAACGAAAAGAAAAAGCAAACAAACAAAAAAAACGAAGCGAACAA

　　AGAGAAGGAAAAGGAAAAGAAAAAGGAAAGAAAGAAAAAAAAGGAAGGGAAGAA

　　ACACAACCAAAACCAAAACAAAAACCAAACAAACAAAAAAAACCAACCCAACAA

　　原始序列上进行替换

　　显然结果是不正确的，我们在sequence1到sequence2中就已经出现错误，误把sequence1中A被替换之后变为T的序列，在sequence2中又被替换掉了，因此我们要转变思路，保持只替换原本的序列，不进行多次替换，避免错误，我们可以尝试每次只在原始序列上进行替换，尝试代码如下：

　　my_dna="ACTGATCGATTACGTATAGTATTTGCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
　　#replace A with T
　　sequence=my_dna.replace('A','T')
　　#replace T with A
　　sequence2=my_dna.replace('T','A')
　　#replace C with G
　　sequence3=my_dna.replace('C','G')
　　#replace G with C
　　sequence4=my_dna.replace('G','C')
　　print(sequence1)
　　print(sequence2)
　　print(sequence3)
　　print(sequence4)

　　其输出结果如下：

　　TCTGTTCGTTTTCGTTTTGTTTTTGCTTTCTTTCTTTTTTTTCGTTGCGTTCTT

　　ACAGAACGAAAACGAAAAGAAAAAGCAAACAAACAAAAAAAACGAAGCGAACAA

　　AGTGATGGATTAGGTATAGTATTTGGTATGATAGATATATATGGATGGGTTGAT

　　ACTCATCCATTACCTATACTATTTCCTATCATACATATATATCCATCCCTTCAT

　　显然结果也是不正确的，因此，我们要引入中间变量，最后再把它做一个回环，

　　也就是说引入四个临时字母，然后每个变换2次，最后把最终结果输出，其代码可以为：

　　my_dna="ACTGATCGATTACGTATAGTATTTGCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
　　sequence1=my_dna.replace('A','H')
　　sequence2=sequence1.replace('T','J')
　　sequence3=sequence2.replace('C','K')
　　sequence4=sequence3.replace('G','L')
　　sequence5=sequence4.replace('H','T')
　　sequence6=sequence5.replace('J','A')
　　sequence7=sequence6.replace('K','G')
　　sequence8=sequence7.replace('L','C')
　　print(sequence8)
　　其结果为：
　　TGACTAGCTAATGCATATCATAAACGATAGTATGTATATATAGCTACGCAAGTA
　　利用upper()输出大写结果
　　至此得到了我们想要的结果，但这种方法显然是有些复杂了，我们可以利用字符的大小写来完成我们的工作，也就是利用小写字母为临时变量，最终利用upper()输出大写的结果就行了，其代码和结果如下：
　　my_dna="ACTGATCGATTACGTATAGTATTTGCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
　　sequence1=my_dna.replace('A','t')
　　print(sequence1)
　　sequence2=sequence1.replace('T','a')
　　print(sequence2)
　　sequence3=sequence2.replace('C','g')
　　print(sequence3)
　　sequence4=sequence3.replace('G','c')
　　print(sequence4)
　　print(sequence4.upper())

　　其结果为：

　　tCTGtTCGtTTtCGTtTtGTtTTTGCTtTCtTtCtTtTtTtTCGtTGCGTTCtT

　　tCaGtaCGtaatCGatatGataaaGCataCtatCtatatataCGtaGCGaaCta

　　tgaGtagGtaatgGatatGataaaGgatagtatgtatatatagGtaGgGaagta

　　tgactagctaatgcatatcataaacgatagtatgtatatatagctacgcaagta

　　TGACTAGCTAATGCATATCATAAACGATAGTATGTATATATAGCTACGCAAGTA

　　至此我们的互补DNA序列得到了，也许有更好更简洁的代码。

　　结尾

　　尽管这是一个不起眼的测算程序流程，但是对于新手的我来说每次对源代码的更新改造，即便是了解后注解都觉得是一场发展提高，总而言之编码虽然不大，出手最关键！期待更多学学Pythod的发烧友不必像我这样好高骛远，学编程就是为了，思索，敲码，思索，敲码，敲码，再敲码，更多关于python求DNA模板互补序列的资料欢迎关注原网页其他类似文章！

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