python合拼RepeatMasker预测分析效果中染色体的overlap区域

89542767 发布于2022-12-22 14:09 / 235人阅读

　　此篇文章主要是给大家介绍了python合拼RepeatMasker预测分析效果中染色体的overlap区域完成实例分析，感兴趣的小伙伴可以参考参考一下，希望可以有一定的帮助，祝愿大家多多的发展，尽早工作上得到晋升

　　序言

　　RepeatMasker是一种根据已经有数据库系统预测分析重复序列的app，能够挑选DNA序列里的散在重复序列和高繁杂编码序列，是重复序列注解的主要手机软件。

　　难题

　　大家想跟RepeatMasker预测效果文档开展重复序列的合拼，其实就是清除性染色体间的overlap区域并将遗传基因间隔低于50个bc的也是一样视作overlap，大家该如何用python解决并形成一个新的预测分析效果？

　　构思

　　首先要对文档开展预备处理获取出需要解决的列，'//'可以忽略不计

　　对同样性染色体编码序列依照降序开展归并排序

　　各自取相对应性染色体依照滑动窗口思路开展双指针核对，留意gap=50

　　1.预处理

　　我们这里只需要结果文件的前三列，可以使用awk命令获取

　　awk'{for(i=1;i&lt;=3;i++)
　　printf("%s",$i);
　　printf("n")}'result.txt&gt;pretreatment.txt
　　#result.txt为结果文件，pretreatment.txt为预处理结果文件

　　2.将pretreatment.txt作为输入文件，

　　with open('pretreatment.txt','r')as f:
　　for i in f.readlines():
　　if i.strip()=='//':
　　continue
　　c=i.strip().split('t')
　　b.append(c[0])
　　a.append((c[0],int(c[1]),int(c[2])))
　　print("全部染色体数量:"+str(len(a)))

　　3.去重+归并排序

　　c=[i for i in b_set if b.count(i)==1]
　　for i in a:
　　if i[0]not in c:
　　continue
　　a.remove(i)
　　result.append((i[0],int(i[1]),int(i[2])))
　　print("去重后染色体数量:"+str(len(a)))
　　a.sort(key=lambda x:(x[0],x[1],x[2]))
　　#按照第一列，第二列，第三列分别排降升序

　　4.开始比对，gap=50

　　q=''
　　start=0
　　end=0
　　tem1=[]
　　tem2=[]
　　gap=50
　　for i in a:
　　if i[0]!=q:
　　if tem1:
　　if tem1 not in tem2:
　　tem2.append(tem1)
　　tem1=[]
　　q=I[0]
　　start=int(i[1])
　　end=int(i[2])
　　continue
　　if int(i[1])&lt;end or int(i[1])-end&lt;gap:
　　if int(i[2])&gt;end:
　　end=int(i[2])
　　continue
　　else:
　　continue
　　tem1.append([q,start,end])
　　start=int(i[1])
　　end=int(i[2])

　　5.将new_result.txt作为输出文件，生成结果

　　with open('new_result.txt','w')as f:
　　for i in tem2:
　　for o in I:
　　print(o[0],o[1],o[2],file=f)
　　for i in result:
　　print(i[0],i[1],i[2],file=f)

　　6.完整代码

　　a=[]
　　b=[]
　　with open('pretreatment.txt','r')as f:
　　for i in f.readlines():
　　if i.strip()=='//':
　　continue
　　c=i.strip().split('t')
　　b.append(c[0])
　　a.append((c[0],int(c[1]),int(c[2])))
　　print("全部染色体数量:"+str(len(a)))
　　b_set=set(b)
　　result=[]
　　c=[i for i in b_set if b.count(i)==1]
　　for i in a:
　　if i[0]not in c:
　　continue
　　a.remove(i)
　　result.append((i[0],int(i[1]),int(i[2])))
　　print("去重后染色体数量:"+str(len(a)))
　　a.sort(key=lambda x:(x[0],x[1],x[2]))
　　q=''
　　start=0
　　end=0
　　tem1=[]
　　tem2=[]
　　gap=50
　　for i in a:
　　if i[0]!=q:
　　if tem1:
　　if tem1 not in tem2:
　　tem2.append(tem1)
　　tem1=[]
　　q=I[0]
　　start=int(i[1])
　　end=int(i[2])
　　continue
　　if int(i[1])&lt;end or int(i[1])-end&lt;gap:
　　if int(i[2])&gt;end:
　　end=int(i[2])
　　continue
　　else:
　　continue
　　tem1.append([q,start,end])
　　start=int(i[1])
　　end=int(i[2])
　　with open('new_result.txt','w')as f:
　　for i in tem2:
　　for o in I:
　　print(o[0],o[1],o[2],file=f)
　　for i in result:
　　print(i[0],i[1],i[2],file=f)

　　以上就是小编给大家总结的全部知识了，希望可以给大家带来帮助。

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